全運會統籌辦早前宣布粵港澳全運會馬拉松測試賽將於2月23日舉行，賽道由深圳灣體育中心開始，經跑手們深圳灣口岸進入香港，到港深西部公路高架橋後折返，大約一半路段在香港境內。
測試賽將於2月23日舉行，女子組於早上7時出發，男子組則於7時半出發。今屆全運會馬拉松為全運史上首個跨境馬拉松賽，跑手由深圳灣體育中心出發，經深圳灣口岸進入香港，途經深圳灣公路大橋及港深西部公路高架橋，之後沿路折返至深圳灣體育中心衝線。比賽線路以深圳灣大橋為橋樑，跨越深圳、香港兩地，將有一半路段於香港境內。
由於部分賽道涉及邊境禁區範圍，故此香港賽段不設公眾觀賽區，屆時深圳灣口岸由凌晨2時起暫停9小時的通關。賽事全程採用人臉識別技術、車輛沿途監管和實時定位等，全程跟蹤人員和車輛，同時以無人機跟拍、賽事直播等實時掌握賽事。至於口岸通關方面，採用人臉識別、手環定位、計時計分技術。
